С момента создания Госкомиссия тесно сотрудничает с Международным Комитетом Красного Креста (МККК) в соответствии с нормами международного гуманитарного права.
В результате военной агрессии Армении против Азербайджана в I Карабахской войне 3 890 граждан Азербайджана были зарегистрированы в Государственной комиссии в качестве пропавших без вести. Из них 3 171 - военнослужащие, 719 - гражданские лица. Среди гражданских лиц 71 несовершеннолетний ребенок, 267 женщин и 326 пожилых людей.
Из общего числа пропавших без вести 872 человека, в том числе 29 детей, 98 женщин и 112 стариков, были взяты в плен или остались на оккупированных территориях. Впоследствии освобожденные пленные и заложники подтвердили, что видели этих людей живыми.
Армения на протяжении всего периода конфликта скрывала сведения об этих лицах от международных организаций, уклоняясь от выдачи информации об их дальнейшей судьбе.
Представители МККК встретились в разное время с 54 лицами из числа пропавших без вести в Первой Карабахской войне, которые на тот момент были живы и насильно удерживались армянской стороной. Впоследствии армянская сторона передала тела 17 из них, и сообщила о смерти 33-х человек, однако их тела так и не были возвращены. О четырех лицах не удалось получить никакой информации.
Во время I Карабахской войны 1 480 азербайджанцев были освобождены из армянского плена.
В соответствии с рамочным соглашением «О сборе и централизованном управлении информацией Antre Mortem о лицах, пропавших без вести в связи с армяно-азербайджанским нагорно-карабахским конфликтом», подписанным в апреле 2008 года между представительством МККК в Азербайджане и Государственной комиссией, с 2014 года был начат сбор биологических образцов (ДНК) у членов семей лиц, пропавших без вести. За прошедший период было взято 10 309 биологических образцов у 3 315 членов семей без вести пропавших. С ноября 2021 года началась работа по созданию профилей ДНК из собранных биологических образцов. С этой целью до настоящего времени были созданы профили по 1024 биологическим образцам.
Основной причиной, препятствующей выяснению судьбы лиц, пропавших без вести в ходе конфликта, до 10 ноября 2020 года являлся факт оккупации Арменией азербайджанских территорий. В нынешних условиях основным фактором является непредставление Арменией сведений о местах захоронений пропавших без вести лиц, и наличие на освобожденных территориях многочисленных мин.
В новых условиях, сложившихся после победы в 44-дневной Отечественной войне, был осуществлен ряд мероприятий, связанных с выяснением дальнейшей судьбы лиц, пропавших в I Карабахской войне.
В период с февраля 2021 года по апрель 2022 года в массовых захоронениях, найденных на территории освобожденных от оккупации Шушинского района, села Дашалты, Ходжавендского района, села Эдилли, сел Фаррух и Дашбашы Ходжалинского района, а также при проведении строительно-строительных работ на освобожденных от оккупации территориях Агдамского, Шушинского, Гейгельского, Тертерского, Физулинского, Кяльбаджарского и Зангиланского районов, были обнаружены останки, которые предположительно принадлежат 82 лицам.
Из 191 могилы неизвестных шехидов, погибших во время I Карабахской войны, на 21 кладбище, расположенном на территории 13 городов и районов республики, были эксгумированы останки 183 лиц.
В настоящее время продолжаются поиски 6 азербайджанских военнослужащих, пропавших без вести в годы Отечественной войны.
В ходе военной агрессии против Азербайджана Армения грубо нарушила многие нормы международного права, в том числе требования международного гуманитарного права. Вопреки правилам войны, гражданское население Азербайджана было взято в заложники, многие убиты. Во многих случаях пленные и заложники подвергались жестоким пыткам, затем были убиты, их тела не возвращались Азербайджану с целью сокрытия следов пыток.
Поэтому армянская сторона и отказывается от сотрудничества, связанного с поиском пропавших без вести граждан Азербайджана, поскольку прекрасно понимает, что в этом случае все ее гнусные, преступные деяния будут разоблачены, а виновные привлечены к ответственности.
Азербайджан на международном уровне ведет работу с целью привлечения внимания к проблеме пропавших без вести и взятых в заложники людей. По инициативе Азербайджана раз в два года в Генеральной Ассамблее ООН принимается резолюция «О пропавших без вести лицах».
Азербайджан также является основным инициатором принятой в Комиссии ООН резолюции по статусу женщин «Об освобождении женщин и детей, взятых в заложники во время вооруженных конфликтов».